種子が保存された後、それは意根の習気の種子として存在し、意根は相応する習気を帯びます。六識の種子が送り出されると、六識が現行します。六識が現行する際、一方では意根の心行に符合しなければなりません。なぜなら意根は主導識であり、六識の身口意行を主導するからです。他方では新しい環境に遭遇し、環境の影響を受けます。ちょうど水が一つの区域を流れる時、その周囲の雑物を巻き込み混ざり合うように、水は影響を受けるのです。六識が遭遇する環境が異なれば、身口意の造作も異なり、六識が影響を受けた後、逆に意根を薫染することになります。
例えば元来、六識の心行が染汚されていた場合、突然善縁に遭遇し仏法に触れ、仏教を学び修行するようになります。仏法を学んだ後、因果の道理を理解し、何をなすべきか、なすべきでないかを知ります。すると意識は自らが悟得した理を意根に伝達し、意根にも理解させます。これにより意根が薫染されます。六識の仏道修行における身口意行は如来蔵に種子として保存され、意根が薫染されれば、その心行も如来蔵に種子として保存されます。如来蔵が再び種子を送り出すと、種子が現行し、身口意行は仏理に符合します。こうして意根が薫染され、送り出される種子は清浄となり、意根の心行が変化するのです。
この過程において、一切の身口意行は意根が決定作用を果たし、如来蔵が身口意行の業種を保存する際も、意根が決定作用を及ぼします。意根は如来蔵と六識を結ぶ紐帯あるいは中継点です。如来蔵が業種を保存し送り出す際、意根は極めて重要な枢軸となります。なぜなら意根は具体的な六塵を了別する智慧が比較的劣り、六塵を詳細に了別できないからです。六識が詳細に了別した内容は刹那毎に意根に伝達され、意根は六識が了別した内容を了別します。その後、意根は思心所を生起し、如何なる造作を行うかを決定します。これらの決定は、意根自身の習気の慣性に従う場合もあれば、六識の分析に基づく場合もあり、一定ではありません。
意根は習気に順じることも、六識が新たに薫染した内容や新たに了別した情報、分析した道理に基づいて選択を行うこともあります。どちらが主導作用を及ぼすか、自らの習気が主導するか、六識の新たな道理が主導するかは定かではありません。意根が総合的に判断する場合も、自らの習気に従う場合も、六識の分析した道理に従う場合もあります。意根が思量して選択を下した後、如来蔵はその心行を了別し、六識を生起させます。意根の思量した内容に従い、意根の心行に基づいて身口意行の造作を生じさせます。身口意行が如何に造作されるかは、意根の思量選択が極めて重要です。
また意根が六識の了別した情報を了別し終えた後、如何に思量し、如何に選択し、どのような心行を起こすか、その心行が染汚か清浄かは、如来蔵が如実に記録し、心行の種子を保存します。如来蔵は意根の心行、全ての心行を、善悪を問わず如来蔵に持ち帰り、種子として保存します。意根の心行とは何か。一つは元来の習気、もう一つは六識が了別した内容が意根に及ぼす影響です。つまり六識の身口意の造作も、意根を通じて如来蔵に保存されるのです。この身口意行において六識がどのような心行であるか、如来蔵はそのまま記録保存します。第七識である意根がどのような心行であるか、如来蔵はそのまま記録保存します。完全に如実で、少しも漏れがありません。かつ刹那刹那に同時保存され、一瞬の過程も漏れることなく、全て保存された後、全体の事象が業種として保存されるのです。
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