懺悔は罪を滅ぼすかもしれないし、滅ぼせないかもしれない。表面的な意識による懺悔では罪を滅ぼせず、効果は小さい。深層の末那識と意識が共に懺悔して初めて罪を滅ぼすことができる。懺悔の効果がどの程度かは、末那識の誠実さの度合いによる。なぜなら末那識の心行が業種を決定するからである。末那識が六識を利用して悪業を造り、悪業の種子を蓄積した場合、末那識自らが直接懺悔して心行を改めなければ、悪業の種子の一部または全てを消滅させることはできない。意識による懺悔では業種の影響を消すことはできず、業種は依然として存在し、来世における苦受は避けられない。
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