意根心所法は実践修行の指針であり、また実践修行のオペレーティングシステムでもあります。指すのは、心所法が自らの修行目標を指し示すことができ、帰するのは、心の行いである心所法の転換、および業種の転換に帰着し、心行が清浄になることです。オペレーティングシステムとは、心所法に従い、絶えず心所法を転換させることであり、実践修行とはすなわち心所法を操作する、あるいは心所法が操作されるプロセスです。
心所法の変化の根本的な原因は如来蔵にありますが、如来蔵は主導的な識ではなく、主体的な能動性を持たず、主導せず、受動的に意根によって用いられます。万物の生じ発展は如来蔵から生じたものではあるものの、その推進力は意根の心所法であり、意根が何かを為そうと欲しなければ、如来蔵は何もせずにいて、一切の法は生じません。
意根は主体的な能動性を持ち、意根の心の状態が転換することによって初めて業種の変化が促されます。意根心所法の転換が因であり、業種の変化が果です。業種は、意根が何かを為そうと欲した後に如来蔵がそれに応じて六識を生じさせ造作を形成したものです。そうでなければ業種は存在しません。もちろん、実際に真剣に修行する各段階は意根の心所法に変化をもたらし、心所法の変化がすなわち果となります。因は依然として意根心所法が自らの心所法を変化させるよう促すことであり、前提として意識的な心所法が意根の心所法を推し進めます。
しかしながら、多くの法の出現は意識によって推し進められたものではなく、完全に意根単独によって推し進められたものです。例えば、五受陰が生じる以前には意識がなく、意根が如来蔵を促して宇宙器世間の生存環境を生じさせ、さらに五陰身を生じさせて初めて意識が生まれ、五陰身の行為が生じ、業種が出現します。眠りから覚める前には意識がなく、意根が目覚めようと思った後に初めて目覚めることができます。昏迷状態の時には意識がなく、意根が身体の状態に基づいて目覚めようと思った後に初めて目覚めます。母胎の中では最初意識がなく、意根が転生しようと思えば転生し、住胎しようと思えば住胎し、出生しようと思えば出生します。
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