意根と意識のそれぞれの機能作用、それぞれの影響力を区別することは完全に可能である。重要なのは、どのような人がそれを達成できるか、どの程度まで達成できるか、そしてどのような人が達成できないかであり、これは各人の智慧の程度による。そして智慧の程度もまた、煩悩の軽重や習気の軽重に制約され、禅定の深浅にもよる。智慧、禅定、心の清浄さの程度、これら三者は互いに関連し合い、緊密に結びついて分かちがたい。
意識の体性や機能作用は、おそらく意根の体性や第八識の体性に比べれば比較的理解しやすいかもしれないが、大多数の人々は依然としてそれを把握できず、朦朧とした状態にある。なぜそうなるのか。主にこれらの法は依然として深く微細であり、もし仏理に対する理解が深く透徹しておらず、正見が不足し、心が浮ついていて禅定を欠いているならば、意識自体の働きを細かく思惟観察することができず、現量観察の智慧がないため、比較的粗浅な意識の体性さえもはっきりと観察できないのである。
これには煩悩による覆いや障害の原因もある。煩悩と言えば、一般の人は貪りと瞋りを認めるが、愚痴と無明も煩悩の一部であり、しかも最も主要な部分であり、煩悩の根本であることを知らない。愚痴とは心が明らかでなく、智慧がなく、正しい知見がないことであり、その根本原因もまた福徳の不足によるものである。もし煩悩による覆いや障害がなければ、智慧は非常に広大となり、意識は識を智慧に転じ、より多くの仏法の理を明らかに理解し、多くの法の運行を現量観察できるようになる。その智慧は具体的に言い表せず、深く広く微細であり、凡人には想像もつかない。
意根の機能と体性は、一般の人では経験者の導きがなければ現量観察できない。なぜなら意根の運行の様相はあまりにも隠微で、あまりにも深く微細であるからである。初地以上の菩薩はその一部を現量観察できるが、地前の菩薩は善知識の教導に依っておそらく比較的充分に理解でき、あるいはほんの少し体得できるかもしれない。未悟の者も善知識の教導に依って意根を証得し、意根のごく一部の機能作用を理解し、いくらかの体得を得ることもできるが、おそらく現量観察にまでは至らないだろう。
地前の菩薩は、すべての法が運行する過程において、意根と意識がどのように調和して一致し、互いに緊密に協力しているかを現量観察することは難しい。様々な法が運行する中で、どれが意識の機能作用でどれが意根の機能作用かを区別することは難しい。法に対する了別作用が果たして意根のものか意識のものか、法に対する思量・抉択作用が果たして意根のものか意識のものかを区別することは難しい。各心所の作用が果たして意根のものか意識のものかを区別することは難しく、ましてや意根の心所法がどれほどあるかを区別することはできず、それぞれの衆生の心所法がどのような違いがあるかを区別できず、異なる段階の修行者の心所法がどのような違いがあるかを区別できない。もし地前の菩薩の煩悩が軽微で障害が小さく、智慧が比較的深く広いならば、善知識の教導に依って意根と意識の一部分の体性を区別できるが、煩悩が重く無明が深い人は区別できない。
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