種子が保存されると、意根の習気種子として、意根は相応の習気を帯びることになります。六識の種子が輸送されてくると、六識が現行します。六識が現行するにあたって、一方では意根の心行に符合しなければなりません。意根は作主識であり、六識の身口意行を主導できるからです。他方では新しい環境に出会い、環境の薫染を受けることになります。ちょうど水がある区域を流れるとき、その区域の周囲の雑物も一緒に混ぜて流れ、水が薫染を受けるのと同じです。六識が出会う環境が異なれば、身口意の造作も異なる可能性があり、六識が薫染を受けた後、逆に意根を薫習します。
たとえば六識は、もともと心行が染汚でしたが、ある時突然善縁に出会い、仏法に出会って、学仏修行するようになります。仏法を学んだ後、因果を理解し、何をなすべきで、何をなすべきでないかを知ります。そして意識は自分が明らかに得た道理を意根に伝え、意根にも分からせます。こうして意根を薫習します。六識の学仏の身口意行は種子として如来蔵 (tathāgatagarbha) に保存され、意根が薫習を受ければ、その心行も種子として如来蔵に保存されます。如来蔵がさらに種子を輸送してくると、種子は現行し、身口意行は仏の道理に符合します。こうして意根は薫染され、輸送されてくる種子は清浄 (viśuddha) なものとなり、意根の心行は変わります。
この過程において、一切の身口意行において意根は決定的な役割を果たし、如来蔵が身口意行の業種を保存することにおいても、意根は決定的な役割を果たします。神様は如来蔵と六識をつなぐ紐帯であり、中継点です。如来蔵が業種を保存し輸送するにあたって、意根はいずれも非常に重要な要(かなめ)となります。なぜなら、意根は具体的な六塵に対する了別慧が比較的劣っており、六塵を具体的に了別できないからです。六識が具体的に了別した内容は、刹那刹那にことごとく意根に伝えられなければならず、こうして意根は六識が了別した内容を了別することになります。そして意根は思心所を生起させ、どのように造作するかを決定します。これらの決定は、意根自身の習気の慣性に従ってなされたのかもしれませんし、六識の分析に従って決定されたのかもしれません。これは一定ではありません。
意根は習気に随順することもあれば、六識が新たに薫習した内容、新たに了別した情報、分析した道理に従って抉択することもあります。そのうちどちらが主導的な役割を果たすのか、自分の習気が主導的な役割を果たすのか、それとも六識が新たに薫習したこれらの道理が主導的な役割を果たすのか、それは一定ではありません。意根は総合することもあるでしょうし、自分の習気に従うこともあれば、六識が分析した道理に従うこともあります。意根が思量 (manasikāra) して抉択した後、如来蔵は神様の心行を了別すると、六識を生じさせ、意根の思量した内容に従い、意根の心行に従って身口意行の造作を生起させます。身口意行がどのように造作されるかについては、意根の思量と抉択がきわめて重要です。
そして意根が六識の了別した情報を了別し終えた後、神様がどのように思量し、どのように抉択し、どのような心行を生じさせるのか、その心行が染汚なのか清浄 (viśuddha) なのかについても、如来蔵は如実に記録し、心行の種子を保存します。如来蔵はまた、意根の心行、すべての心行、善いものであれ悪いものであれ、ことごとく如来蔵の中に持ち帰り、種子として保存します。意根の心行とは何でしょうか。一つはもともとの習気であり、もう一つは六識が了別した内容の、意根に対する影響です。つまり、六識の身口意の造作も、意根を通じて如来蔵の中に保存されるのです。この身口意行の中で六識がどのような心行であれば、如来蔵はその心行を記録・保存し、第七識意根がどのような心行であれば、如来蔵はその心行を記録・保存します。きわめて如実で、少しも漏れがありません。しかも刹那刹那に同時に保存されており、一つとして漏れた環節はなく、すべて保存された後、出来事全体が業種として保存されるのです。
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