如来蔵もまた識であり、それ自体の機能作用を有する。如来蔵は特有の認識内容を有し、七識とは同一ではない。よって如来蔵は阿頼耶識であり、第八識である。如来蔵は衆生の根・身・器・界を識別し、衆生の業種を認識する。七識心が認識する六塵以外に、如来蔵は具体的な名言名相を識別せず、それ以外は全て如来蔵の認識対象である。如来蔵が衆生の業種を識別して初めて、衆生の五蘊を顕現させ、衆生の業果報を実現する。業種を識別することで、衆生が生存する環境が生じ、宇宙器世間が形成される。
如来蔵は七識の種子を流注して七識を現起させ、四大種子を流注して根身器界を現起させる。如来蔵は衆生の心行を了知した後、衆生の七識五陰に応じて、現に必要な法を生起させる。如来蔵に識別の機能がなければ、業果報を実現できず、衆生及びその生存環境を顕現できない。如来蔵は完全に業種に従って四大種子を出力し、色身を形成し、生存環境を形成し、宇宙器世間を形成する。如来蔵の分別性は悟後の学習と具体的な了知の内容であり、悟前には観察することができない。
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