如来蔵の識の種子が生じて七つの識を形成し、七識が現行して活動を始めると、心所法の形式で運行する。まずは五遍行心所法が働き、次いで五別境心所法が不定時に随伴し、また善悪の心所法も随伴する。七識は時に善、時に悪となり、時に善悪ともに現れないが、五遍行心所法は常に七識に随伴して現行する。しかしこれらの心所法には種子がなく、七大種子の中に五遍行の種子は存在せず、業種の中にも心所法の種子は存在しない。だが七識が現行すると、五遍行・五別境と善悪の心所法が随伴して活動し、それによって身口意の業行が生じる。
識の種子は水滴の如く、水滴が連続して水流を形成し、この水流は七識の識流に相当する。しかし七識自体は心所法に依存して初めて機能し、心所法の補助的運行があってこそ七識の作用が発揮される。七識が生じた後、対応する法に対して作意・触・受・想・思を行う。これが七識の運行過程であり、その中には他の心所法が混在する。識の種子自体は清浄であり、形成される識流も清浄である。しかし心所法が運行に参与すると、七識は必ずしも清浄ではなくなる。心所法には不浄なものや染汚があるため、七識が心行によって形成する業種は必ずしも清浄ではない。如来蔵に蓄えられた業種の性質に応じて意根はその様相を現し、故に意根は必ず業種と相応する。
如来蔵は業種に基づいて七識を現行させ、業種が染汚であれば七識の心行も染汚となり、業種が清浄であれば七識の心行も清浄となる。染汚の種子が成熟すると、意根は染汚の業を現行し、その染汚業が再び種子として如来蔵に蓄えられる。識の種子が如来蔵に戻ると、依然として清浄である。七識が造った悪の業種が縁熟して現報を生じ、その現報の中で不善の心行が再び生起する。不善の心行に基づいて不善業を造り、これを因として不善の果が生じる。業果はこのように循環し、衆生の輪廻は絶えない。七識が造った善悪の業種は縁に遇って現行し終わると業種は消滅するが、一切の法と一切の心行は記録のように永遠に消失しない。衆生が無始劫に経験すればするほど、如来蔵はより多くを蓄積する。劫を経た生命の長河における一切の事象は一滴一滴、如来蔵に記録される。如来蔵は形も相もなく、もし形相があればこれほど多くの記録を蓄えることはできない。故に記録もまた形相のないものである。
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