四大種の不調和により、百病ことごとく生ず。すべての色身の疾病は四大種の不調和によって引き起こされる。四大種が不調和となる原因は、一つには業障によるもの、もう一つには後天的な環境によるものである。四大種が調和しないとは、四大種子の成分が変化することを意味し、身体はそれに伴って変化を遂げ、さまざまな疾病が現れる。単一の大種が不調和となるだけで、それに相応する疾病を引き起こす。例えば、水大が不調和となれば、身体中の水分は過剰か不足かのいずれかとなり、水の成分が増えても減っても疾病を引き起こす。浮腫、皮膚の乾燥、腎臓病、湿疹、皮膚炎、血液粘稠、心脳血管疾患など、水に関連するこれらの疾病がそれである。風大が不調和となれば、風に関連する疾病、例えば呼吸器系の疾患、風疹、リウマチなどを引き起こす。火大が不調和となれば、火に関連する疾病、例えば身体の冷えや熱の病、寒涼の病、高熱、微熱などを引き起こす。地大が不調和となれば、地の堅さや支持性に関連する疾病、例えばカルシウム不足、四肢の無力、体の虚弱、背中の曲がりや猫背、全身の疼痛などを引き起こす。一大種が不調和となるだけで百病が叢生する。ましてや四大種がすべて不調和であれば、なおさら病障は重なり合う。総じて言えば、これらはすべて衆生が無始劫より業を造ることによって感得した果報であり、ごく少数の場合はたまたま外界の環境が変化し身体が一時的に適応できないことによって引き起こされるが、大多数は業障による病である。業障病であれ、たまたまの環境不適によるものであれ、その変化はすべて如来蔵のなすところである。四大種子は如来蔵より輸送され、その中の比率や成分が変化すれば、物質的な色身は相応の変化を起こす。四大種子の成分の変化は、如来蔵が主となって決定する。如来蔵は何に依って四大種子の出力を変化させることを決定する主となるのか。一つには業種に依る。如来蔵は業種を了別することができ、その運行は必ず業種に依らなければならない。もう一つは色身の触れる環境に依る。なぜなら如来蔵は身根と器世間の環境を了別することができ、それに依って不断に環境と身根に随順し、四大種子の構造を変化させるからである。こうして身体は絶えずさまざまな変化の中に置かれる。すべての衆生の色身はこのように刹那刹那に変化を起こしており、変化しないものはなく、すべて自身の如来蔵のなすところである。
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