あることを頻繁に行い、習慣化されると、後に類似の事態に遭遇した際、知らず知らずのうちに行うようになることを「習気」と申します。習気は意根に宿り、意根が習慣的に行う事柄には習気が現行し、意識は意根の習気を往々にして自覚できません。習気には善い習気と悪い習気が存在し、悪い習気は無明煩悩に属します。意根は無始劫以前より無明煩悩を有しておりますが、これを「無始無明」と称し、種子を伴いません。しかしながら意根は無始劫以前には煩悩習気を有しておりませんでした。五陰身による造作が存在しなかったため、習気を養成することができなかったからです。後に五陰身が生じると、意根は五陰身を利用して絶え間なく無明煩悩を現行させ、これにより習気が形成され、造作された無明煩悩は種子を形成しました。従って習気には種子が存在しますが、無始無明には種子が存在しないのです。
五陰身は生生世世にわたり世俗界において活動を続ける中で、無明を増減させ続けます。無明習気は絶えず増強と軽減を繰り返します。故に修学の過程で断ずべき一切の無明煩悩は、主として意根の煩悩を断ずることにあります。意根の煩悩が一旦断たれれば、意根の煩悩習気及び六識の枝葉的煩悩は自然に消滅致します。実際の修行過程においては、まず意識が煩悩を降伏・断除します。意識は理を速やかに理解し、正理を明らかにすれば自心を修証できますが、意根の煩悩は深重で理の理解が遅く、自己修正が困難です。従って意根が煩悩を降伏・断除しなければ、意識の煩悩が断除された後も再び意根に依って再生します。修行とは即ち意根の全ての無明を断除し、意根の明を増長させることにあり、無明が断尽し明が極限に至れば、仏道は成就するのであります。
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