ある種のことを頻繁に行い、習慣になると、その後類似のことに遭遇したとき、知らず知らずのうちにそれを行ってしまう。これを習気と呼びます。習気は意根にあり、意根が習慣的に行っていることは、習気として現行して現れます。意識は意根の習気に対して往々にして気づかないものです。習気は良い習気と悪い習気に分けられ、悪い習気は無明煩悩に属します。意根には無始劫以前から無明煩悩が存在しており、これを無始無明と呼び、種子はありません。しかし意根には無始劫以前、煩悩の習気は存在しませんでした。五陰身の造作がなかったため、習気を養うことができなかったのです。その後、五陰身が出生して以降、意根は五陰身を利用して無明煩悩を絶えず現行させたため、習気が形成され、造作された無明煩悩が種子として形成されました。したがって習気には種子があり、無始無明には種子がありません。
五陰身は生生世世、世俗界における活動の中で、絶えず無明を増加させ、また軽減させます。無明の習気も絶えず強まったり弱まったりするのです。したがって修学の中で断つべき一切の無明煩悩は、すべて意根の煩悩を断つことを主とします。意根の煩悩が断たれれば、意根の煩悩習気および六識の枝葉の煩悩もそれに伴って消滅し尽くします。実際には、修行の過程においては、意識が先に煩悩を降伏させ、断除します。意識は道理を明らかにするのが速く、正しい道理を明らかにすれば自心を修証できるのに対し、意根は煩悩が深重で道理を明らかにするのが遅く、自らを修正することが非常に困難だからです。したがって、意根の煩悩を降伏させ断除しなければ、意識の煩悩を断除した後でも、意根に依拠して再び生じ出します。修行とは、意根の一切の無明を断除し、意根の明を増長することです。無明を断じ尽くし、明が極限に達したとき、仏道が成ります。
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