中陰身にも六識は存在するが、この時点では六識の作用力はやや弱く、人間の身体にある時ほどの強さはない。中陰身は業力の顕現であり、業力が最も強く作用する時期であるため、意根は業力と共振し、主体性が極めて顕著となる。その結果、意識は意根を制御できなくなる。さらに、中陰身の色身は人身とは大きく異なり、中陰身に依存する意識の思考・分析・判断機能は弱体化する。これにより意識が意根に及ぼす牽制作用が弱まり、意根は意識による拘束を受けなくなるため、業力に基づく習性が完全に顕現する。もし意根の煩悩習性が転換されず、戒・定・慧の修習も行われず、善法と共振せず、三つの結び(有身見・戒禁取見・疑)が断たれていない場合、必ず煩悩の結縛に縛られて三悪道に生を受けることになる。中陰身における一切の活動は意根の業力を主とし、意根が善であれば善道に、悪であれば悪道に生を受け、あるいは意根の願力に随って生を受ける。
臨命終時(臨終の瞬間)、五根の機能作用は次第に弱まり、如来蔵は五根を維持しなくなる。四大元素の微粒子が分解し、六境も運ばれなくなるため、意識を出生させる縁が具足せず、意識はもはや出生しなくなる。六境の伝達が次第に減少するにつれ、六識は次第に微弱となり、最終的に滅尽する。すると意根と如来蔵は離脱し、中陰身へと移行する。
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